Baja rentabilidad del agrosistema de la chinampa tradicional, dificultades hidráulicas y ambientales para su práctica.
Escaso apoyo técnico, financiero y de comercialización para el productor.
Escasa diversificación productiva, tecnologías inadecuadas y alterantes del sistema chinampero.
Bajo reconocimiento socio-cultural para la restauración del agroecosistema tradicional.
Cambio de actividades económicas (invernaderos) y consecuentemente de uso del suelo por falta de rentabilidad de la labor chinampera.
Invernaderos como nuevos modelos productivos más rentables que los agrosistemas tradicionales.
Pérdida de costumbre hacia la pesca artesanal por insalubridad, bajas poblaciones de organismos y por ser una actividad productiva poco redituable.
Pérdida de la identidad cultural.
Pérdida del conocimiento y de la visión del productor chinampero y agrícola de temporal sobre la
importancia de conservar una cobertura vegetal del suelo que mantenga la fertilidad y por tanto la rentabilidad de la actividad agrícola.
Pérdida de chinampas por creación de invernaderos e introducción de escombros.
Incremento en el cambio de actividades, de uso del suelo y de construcciones.
Avance de la urbanización.
Carencia de señalamientos restrictivos suficientes en los límites del ANP con las colindancias urbanas.
Paisaje Palustre
Problemática hidrológica
Falta de definición de los escenarios de riesgo a corto y mediano plazo producidos por la contaminación de la parte subyacente del acuífero por contacto o filtración.
Urgencia de definir la hidrodinámica del sistema acuático, así como su morfometría, origen, dinámica y posible evolución del hundimiento inducido y de la inundación.
Carencia de un programa de acciones concertado y con seguimiento a largo plazo para comprender, manejar y en su caso corregir causas del hundimiento y/o enfrentar sistemáticamente sus efectos negativos y su grado de avance.
Problemática Ecológica
Desconocimiento de la estructura y funciones del lago como ecosistema acuático.
Presencia potencial de contaminantes en el ecosistema acuático (agroquímicos, metales pesados, sales, etc.), así como de condiciones de calidad del agua inapropiadas para el desarrollo de la flora y fauna nativa.
Falta control del crecimiento de la vegetación flotante para evitar la evaporación y eutrofización excesivas, así como el abatimiento del oxígeno disuelto.
Alteración de los procesos ecológicos normales del humedal por deterioro de la calidad del agua.
Sistema acuático altamente susceptible para el establecimiento de especies de peces y plantas no nativas introducidas, con la consecuente vulnerabilidad de las especies nativas de crustáceos y peces por la invasión de especies introducidas.
Pérdida de la posibilidad de sitios estables para el anidamiento de aves.
Alteración del hábitat por actividad ganadera.
Plagas de plantas acuáticas debido al crecimiento descontrolado de poblaciones de lirio y tular.
Contaminación de agua y suelo por materia orgánica y desechos sólidos.
Baja diversidad de especies nativas.
Problemática Social
Pérdida permanente del paisaje agropecuario terrestre y su transformación en acuático y palustre.
Demanda de alternativas de desarrollo económico.
Necesidad de demostrar que es posible generar ingresos por la transformación de un paisaje agrícola en uno lacustre.
Paisaje Urbano (Vestigios arqueológicos El Japón)
Problemática hidrológica
Terreno bajo condiciones de inundación recurrente.
Problemática social
Esta unidad registrada en el estudio del INECOL en 2002 no fue
incluida en el Plano oficial del Programa de Manejo del ANP Ejidos de Xochimilco
y San Gregorio Atlapulco del 2006. Su exclusión depende de su liberación por parte del INAH