En lo que respecta al actual Programa de Manejo del ANP-EXSGA no contempla la variabilidad del lago y del humedal lacustre asociado, así como la inundación sobre las
zonas adyacentes para evitar una posible contaminación del agua subterránea y una mayor pérdida de chinampería tradicional.
Un grave efecto directo y evidente del proceso del hundimiento ha sido la pérdida de chinampería tradicional por inundación en San Gregorio Atlapulco, así como la
consecuente creación de cuerpos de agua y humedales lacustres.
Un segundo efecto, con claro reflejo espacial sobre la chinampería tradicional en San Gregorio Atlapulco, es tanto la reducción y/o cegamiento de canales, como su
ocupación con invernaderos y sombreaderos: Una interpretación directa podría indicar con ello su pérdida, sin embargo mientras la chinampa mantenga suelo de tierra y
sirva para cultivar en él plantas o flores, continuará manteniendo ese carácter; se considera que lo pierde cuando el piso de tierra se cambia por materiales como el concreto.
Unidades de Paisaje determinadas en 2002, descripción y problemática identificados en 2012 :