El estudio de la zona lacustre y chinampera es importante para entender el desarrollo cultural y social de la Cuenca de México. Por mucho tiempo Xochimilco abasteció a la Ciudad de México de productos agrícolas, mediante las chinampas como forma de cultivo, así como la utilización de canoas y trajineras como transporte para el comercio regional.
El ANP representa el punto focal donde el Gobierno del Distrito Federal protege y monitorea los valores que los humedales y chinampería de Xochimilco y San Gregorio Atlapulco proveen. Sin embargo, su dependencia, su interacción y su impacto se producen en tres niveles: ANP, local y regional.
A través del tiempo, el Área ha venido sufriendo un continuo deterioro ambiental derivado de un inadecuado uso del suelo, presión de la mancha urbana, la extracción de agua para el abasto de la Ciudad, la descarga de aguas negras, entre muchos otros problemas.
Debido a que el lago de Xochimilco y sus pozos cercanos son parte de una de las cuencas que abastecen de agua potable a la ciudad más grande del mundo, su situación es crítica en todo lo tocante al nivel de las aguas, pero ello repercute a su vez en la vida silvestre y en la producción agrícola, así como en la vida y la salud de los pobladores.
Su condición como área esencialmente agrícola y ganadera que abastecía el centro del país, y la carencia de agua en la zona, hizo que los agricultores empezaran a desecar los pantanos para evitar la pérdida de ganado, y se introdujeron plantas de ornato como los jacintos acuáticos foráneos que se convirtieron en plaga incontrolable de los canales destacando la especie brasileña Eichornia crassipes y el japonés Nymphae espadal.
La falta de agua limpia y su reemplazo por aguas tratadas y negras, además de dañar a la flora, alejar a la fauna y poner en peligro la salud de los pobladores, causó una descontrolada acumulación de salitre en el suelo. Es por ello que muchas chinampas de la región agrícola sufren una notable baja en su
productividad, que pasó del 70 al 15% de la decreciente potencialidad agrícola del Distrito Federal. De los 70 kilómetros cuadrados de chinampas productivas que alguna vez tuvo Xochimilco, quedando apenas una cuarta parte. Por otro lado, las aguas tratadas no bastaron para detener los hundimientos, que
todavía entre 1985 y 1987 alcanzaron hasta 45 centímetros en partes de los ejidos de Xochimilco y San Gregorio Atlapulco.
La carencia crónica de agua, inició la desecación y con ella la degradación ecológica y económica de Xochimilco. La acelerada pérdida de las bellezas naturales y de los paisajes, trajo como resultado que el nivel de vida de los pobladores se hiciera precario y abandonaron la agricultura, las flores y el turismo buscando nuevas fuentes de empleo,
muchas veces en la capital.