Historia
En el año 2002, la Coordinación de Recursos Naturales (CORENA) realiza el anteproyecto de Manejo Integral de los Humedales de San Gregorio Atlapulco donde se definen acciones concretas aplicables a cada una de las áreas que conforman este sitio.
El 2 de febrero de 2004, la Convención Internacional sobre Humedales Ramsar inscribió a la zona lacustre de Xochimilco en la Lista de Humedales de Importancia Internacional, con la denominación “Sistema Lacustre Ejidos de Xochimilco y San Gregorio Atlapulco”, para asegurar el mantenimiento de sus características ecológicas.
El 31 de enero de 2005, se publicó en la Gaceta Oficial del Distrito Federal, el Acuerdo por el que se crea La Comisión Interdependencial para la Conservación del Patrimonio Natural y Cultural de Milpa Alta, Tláhuac y Xochimilco, a efecto de contar con un instrumento de coordinación que facilite la instrumentación aplicación efectiva de los programas,
proyectos y acciones que inciden en dicha zona y que, de conformidad con sus atribuciones legales, desarrollan distintas dependencias y órganos del gobierno del Distrito Federal, las delegaciones Milpa Alta, Tláhuac y Xochimilco e instancias y dependencias del Ejecutivo Federal.
El 11 de enero del 2006, se aprobó el actual Programa de Manejo del Área Natural Protegida con carácter de zona de conservación ecológica “Ejidos de Xochimilco y San Gregorio Atlapulco” (ANP-EXSGA).